La chiesa di Sant'Apollonia è stata un luogo di culto cattolico, poi recentemente sconsacrata. Stando agli affreschi tardomanieristici della volta del corpo longitudinale, la cronologia dell'architettura dovrebbe ricadere a cavallo fra il XVI e XVII secolo. Alla stessa datazione potrebbe risalire anche il vano a pianta centrale, la cui forma, nonostante i resti di dipinti barocchi, presenta una tipologia caratteristica del rinnovamento controriformistico.
Come si evince dal portale d'ingresso ad arco e dalla sua struttura in stucco dell'altare maggiore potrebbero risalire al 1736, data ricordata su una lapide interna per la benedizione di due altari laterali raffiguranti La risurrezione, L'Ascensione di Gesù, La Pentecoste, mentre la cupoletta è decorata con pitture che in origine dovevano raffigurare il paradiso con teorie di santi, secondo una consuetudine diffusa dopo la seconda metà del settecento.
La sua intitolazione alla santa protettrice dei denti è di antica origine, circa XI secolo. La chiesa durante la metà del novecento è stata sconsacrata ed è andata definitivamente in rovina con il terremoto del 1980. Fu restaurata nel 1994, ed oggi è stata restituita al pubblico come sala per attività culturali.
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